火疗的副作用可能会导致身体体内内热加重，使人非常容易出现上火的现象，包括口腔溃疡，牙龈肿痛，口干，舌燥，心律失常，咽喉肿痛等一系列疾病的发生，在做火疗的时候，要结合自身的实际病情酌情治疗。
火疗的主要作用是排寒而不是泄热，如果患者本身是热证或者阴虚性体质，火疗后会增加内热，还会大量出汗，排出一部分矿物质和微量元素，身体感到虚弱无力，病情不轻反重。皮肤破损的情况下做火疗，会使皮肤受刺激导致皮肤敏感性增加，诱发皮肤感染。如果患者有出血性疾病，如血友病或血小板减少性紫癜，火疗后会导致出血问题加重，其产生的作用弊大于利。
